Pierwsza wzmianka o organach w drewnianym kościele w Górce Kościelnickiej, wzniesionym w latach 1646-1648, pochodzi z 1664 r. W 1824 r. notowano tu siedmiogłosowy pozytyw o dwóch miechach, będący w złym stanie technicznym. W późniejszym czasie instrument musiał zostać naprawiony lub zastąpiony nowym, skoro w 1866 r. stan organów określono jako dobry.
Obecny instrument został zbudowany w 1968 r. przez firmę Henryka Siedlara z Krakowa. W roku 1971, podczas wizytowania parafii pod kątem organów i organisty, ks. Józef Hajduk wyraził swoje uznanie dla niewielkiej parafii, której udało się nabyć nowy instrument. Po roku 2000 organy zostały wyczyszczone i wymieniono mieszki.
W 2020 roku z inicjatywy organisty p. Krzysztofa i przychylności ks. proboszcza Stanisława Palichleba, uruchomiono nieczynną od lat sekcję pedału, a w 2021 roku wymieniono oskórowanie miecha i uszczelniono jego pudło, wymieniono pęknięte mieszki oraz wyregulowano trakturę gry. Prace te przeprowadził organmistrz p. Konrad Dybczak, który opiekuje się instrumentem. W przyszłości planuje się wymianę dmuchawy i dalsze prace konserwatorskie.
Stół gry wolnostojący. Skala manuału: C-a3; skala pedału: C-f1.
źródło: Musicam Sacram